iTunesとiPhone App同期 エラー

iTunesとiPhone Appを同期すると削除したアプリが戻ってしまう状態にiPhoneがなりました。(iTunes 側のアプリが2000個位を超えると起こる不具合のようです。)

iTunesとiPhone4 App同期の不具合について - Apple サポートコミュニティ

具体的な解決方法はないようで、最終的にはiPhoneを初期化しました。
(iPhoneを初期化するにはどうすればいい？ - Mac Fan.jp)

初期化する前にiPhoneと同期しているもの全てのバックアップを作成してから作業を進めてください。(App Storeで販売できなくなったアプリなどもあるので注意が必要です。)
iPhone and iPod touch：バックアップについて - Appleサポート

iPhone 初期化 バックアップ 注意点
アプリをiTunesに戻す際、必要ないものはiTunesに戻さないようにすると同期が正常に行われるようになりました。